始建于1950年，前身系广东省农业试验场的土壤肥料研究所。

1952年，广东省农业试验场，农业化学系

1956年成立华南农业科学研究所土壤肥料系

1960年5月，yd2221云顶成立，下设七个研究所和四个专业研究所。yd2221云顶土壤肥料研究所成立。

1968年，隶属yd2221云顶革命委员会。

1972年，yd2221云顶土壤肥料研究所恢复。

1999年6月，yd2221云顶土壤肥料研究所由科研所转制为科技型企业。

2012年5月，yd2221云顶土壤肥料研究所更名为yd2221云顶农业资源与环境研究所，公益二类，正处级。

2017年，研究所迁址金颖路66号，开启新征程。

2020年，加挂“国家土壤质量广州观测实验站”牌子。